Lelaki berusia 45 tahun itu telah diracun dengan agen saraf VX pada 13 Februari di Lapangan Terbang Antarabangsa Kuala Lumpur 2.
Penyiasat "mengesahkan identiti mayat sebagai Kim Jong-Nam berdasarkan sampel yang diperolehi daripada anaknya", kata Timbalan Perdana Menteri, Ahmad Zahid Hamidi, tanpa menjelaskan lebih lanjut.
Seoul menyalahkan Pyongyang untuk kematian Kim, tetapi Korea Utara telah menafikan dakwaan tersebut dan mengecam keengganan Malaysia untuk menyerahkan mayatnya tanpa sampel DNA daripada keluarga terdekat.
Ahmad Zahid memberitahu pemberita bahawa kedua-dua negara memulakan rundingan rasmi pada Isnin bagi menyelesaikan krisis dan membawa pulang sembilan rakyat Malaysia yang terperangkap di Pyongyang.
Malaysia secara rasmi mengesahkan identitinya pada hari Jumaat lalu, hampir sebulan selepas pembunuhan itu, tetapi enggan menyatakan sama ada pihak berkuasa telah memperoleh sampel DNA daripada keluarga terdekat.
Bimbang anak boleh menjadi seterusnya
Timbalan Menteri Dalam Negeri, Nur Jazlan Mohamed pada Rabu memberitahu AFP, pihak berkuasa tidak mahu mendedahkan bagaimana mereka berjaya mendapatkan sampel DNA kerana bimbangkan keselamatan anak mangsa.
"Ia adalah dari salah seorang daripada anak," kata Nur Jazlan.
"Kami tidak mahu mengatakan anak yang mana kerana ia boleh membahayakan nyawa anak itu."
Malaysia juga menggunakan cap jari yang diperolehi oleh kerajaan Jepun berikutan cubaan yang gagal oleh Kim untuk memasuki negara tersebut yang mahu melawat Disneyland pada tahun 2001, untuk menentukan identitinya, katanya.
Sejak kematian Kim, terdapat spekulasi seorang lelaki muda yang dikenal pasti dirinya sebagai Han-Sol muncul dalam sebuah video yang diedarkan. Dakwaan itu kemudian disahkan oleh agensi perisikan Korea Selatan.
Tetapi beliau tidak mendedahkan di mana beliau berada atau menawarkan untuk menuntut mayat bapanya yang telah diawetkan baru-baru ini untuk mengelakkan daripada reput yang disimpan di sebuah rumah mayat di Kuala Lumpur.
Pyongyang telah berulang kali mengecam siasatan Malaysia sebagai satu percubaan untuk memburuk-burukkan rejim, menegaskan bahawa Jong-nam kemungkinan besar meninggal dunia akibat serangan jantung.