Mengesahkan perkara itu, Timbalan Perdana Menteri Datuk Seri Dr Ahmad Zahid Hamidi berkata, Malaysia bukanlah satu-satunya negara di mana pendakwah Islam itu tinggal.
"Zakir Naik mempunyai status PR di Malaysia tetapi dia bukan seorang warganegara," katanya kepada media pada Selasa.
Pada bulan November 2016, Kementerian Dalam Negeri menafikan laporan media India yang mengatakan bahawa Dr. Zakir Naik telah diberikan kerakyatan Malaysia sebagai "pakej" apabila beliau dianugerahkan Tokoh Maal Hijrah pada tahun 2013.
Ahmad Zahid yang juga Menteri Dalam Negeri berkata, walaupun tidak ada asas untuk pihak berkuasa Malaysia untuk memulakan siasatan terhadap Dr Zakir, mereka akan memberi bantuan kepada pihak berkuasa India jika Kerajaan India memohon Bantuan Undang-Undang Bersama (MLA).
Agensi Siasatan Kebangsaan India (NIA) berkata bahawa mereka mahu meminta notis Interpol terhadap zakir untuk menyekat pergerakan keluar dari Arab Saudi setelah beliau ingkar memberi kerjasama terhadap siasatan ke atasnya.
Sebagai tindak balas, Zakir mencabar pihak berkuasa India untuk mencari beliau di Malaysia.
"Mereka (India) tidak berani. Jika mereka mahu menemubual saya secara bersemuka, datanglah ke sini dan bercakap, " beliau dipetik berkata.
"Saya dah beritahu yang saya sedia memberi keterangan melalui Skype, telefon atau televideo. Jika saya pergi ke sana (India) mereka akan seksa saya. Jadi, apa gunanya saya pergi ke sana?
“Mereka sudah melakukan (penyeksaaan) kepada umat Islam lain, saya ada bukti," katanya.
“Mereka sudah melakukan (penyeksaaan) kepada umat Islam lain, saya ada bukti," katanya.